Анализ последовательности 9p21.3, связанной с ишемической болезнью сердца

Анализ последовательности 9p21.3, связанной с заболеванием коронарной артерии
                Диаграмма, показывающая общую схему клонирования TAR представляющей интерес области (красным) из общей геномной ДНК (синим цветом) с линеаризованным вектором TAR, содержащим маркер селекции дрожжей HIS3, центромерную последовательность из хромосомы 6 (CEN6) и два уникальных нацеливания последовательности (hook1 и hook2) гомологичны 5 ‘и 3’ концам целевой области. После совместной трансформации в дрожжи Saccharomyces cerevisiae рекомбинация между целевыми последовательностями в векторе и целевыми последовательностями фрагмента геномной ДНК приводит к спасению фрагмента в виде кольцевой молекулы YAC (дрожжевая искусственная хромосома). В экспериментах по клонированию TAR векторную ДНК линеаризуют с помощью уникальной эндонуклеазы, расположенной между крючками, для выявления нацеливающих последовательностей. Кредит: Наталья Куприна

Прежде чем установить убедительную связь между СД и сердечно-сосудистыми заболеваниями, необходимо провести дополнительный анализ интервала САПР у большего количества пациентов с ИБС и среди людей, используя технику клонирования TAR в сочетании с КПЦР или капелькой цифровая ПЦР разработана в этой работе.
                                                                                       

Исследовательская группа заявила, что «в последние годы была описана возникающая группа генетических заболеваний человека, которые являются результатом перестроек ДНК, а не изменений единственного нуклеотида. У людей вариации числа копий таких повторов были вовлечены в общие черты, такие как невропатия, гипертония, дальтонизм, бесплодие и поведенческие черты, включая аутизм и шизофрению, а также восприимчивость к ВИЧ, волчаночный нефрит, псориаз и болезнь Паркинсона. «

В этой работе они сосредоточились на анализе структурных изменений в последовательности интервалов CAD с использованием различных подходов, включая повторную изоляцию этой области с помощью метода клонирования, связанного с преобразованием.

Здесь они использовали клонирование TAR для выделения области CAD из линии соматических мононуклеарных клеток периферической крови, полученной от пациента с ишемической болезнью сердца с уникальными мутациями в пределах интервала CAD.

Основываясь на анализе последовательности изолятов TAR, область CAD в этой клеточной линии содержит четыре единицы по 50 кб, организованные как тандемные повторы. Во-вторых, регион САПР не содержит открытых рамок считывания, которые легко идентифицируются с помощью секвенирования следующего поколения. В-третьих, в регионе наблюдается относительно высокая плотность повторений SINE и LINE.

Это затрудняет сбор дублированных последовательностей с использованием множества коротких операций чтения, полученных из секвенирования генома следующего поколения.

Идентификация SD в пределах локуса SPANX-B в Xq27 является хорошим примером таких проблем.

Стоит отметить, что наличие SD в локусе SPANX-B в Xq27 определялось только путем прямого клонирования TAR области SPANX-B из геномов человека.

Дублирование было обнаружено только в данных, когда они специально призвали к сравнению числа чтений последовательностей в дублированной области с магистральной цепью BAC. Таким образом, количество дупликаций может влиять на уровень экспрессии ANRIL или сплайсинга этой некодирующей РНК, расположенной в дублированной области, что может определять предрасположенность к CAD.

Исследовательская группа применила клонирование, связанное с трансформацией рекомбинации, универсальный метод для манипуляций с большой ДНК, чтобы избирательно изолировать последовательность интервалов заболеваний коронарной артерии в локусе хромосомы 9p21.3 от пациента с ишемической болезнью сердца и нормальных людей.

Анализ последовательности показал, что повторы варьировались на 10-15 SNP между собой и на 82 SNP между последовательностями генома человека. Последовательности соединений содержали элемент Alu, последовательность, показанная ранее, чтобы играть роль в дублировании.

Похожие новости

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *