Генетические «обычные подозреваемые» определены в новом списке исследователей

Генетические
                Ведущий автор Меган Кроу (слева), доцент Джесси Джиллис и постдокторский исследователь Сара Баллуз (справа) работали вместе с исследователями из Университета Британской Колумбии, чтобы проанализировать дифференциальные выражения образцов заболевания из более чем 600 наборов данных. Предоставлено: © Gina Motisi, 2018/CSHL.

Не секрет, что наши гены — это то, что делает нас … нас! Но гены часто также являются основой для изнурительных заболеваний. Один из главных ключей к пониманию любой болезни — это выяснение того, какие гены действуют необычно во время начала заболевания. Но не всегда ясно, является ли необычная активность генов уникальной для данной болезни или является просто более общим симптомом нездорового организма. Теперь ученые из лаборатории Колд-Спринг-Харбор (CSHL) составили список обычных подозреваемых, которые могут оказаться неоценимыми для исследователей и клиницистов.
                                                                                       

«Представьте себе экстрасенса», подсказывает вычислительный биолог CSHL Джесси Джиллис, который работал над исследованием. «Когда они проводят» холодное чтение «для аудитории, они говорят:» здесь кто-то имеет имя Дейв или Дэвид «и т. Д., Верно? Они делают предположения, которые очень вероятны».

В этот момент зрители не задумываются о популярности имени Дэвид, что делает его восхитительным, что наблюдатель Дэйв был выделен.

Гиллис и постдокторский исследователь Мэгги Кроу заметили, что ловушка в таком мышлении может быть проблематичной для исследований, сравнивающих активность генов здоровых клеток с активностью клеток, вовлеченных в заболевание — то, что называется «дифференциальной экспрессией».

Они полагали, что если кто-то предсказал, какой ген будет идентифицирован во время поиска дифференциальной экспрессии, этот ген может быть связан с заболеванием, но только потому, что он связан почти с любым заболеванием.

Пара вместе с Полом Павлидисом из Университета Британской Колумбии провела вычислительный анализ 635 наборов данных на 27 000 выборок. Они обнаружили, что есть такие гены, как имя «Дейв»: они настолько подвержены любой болезни, что их появление неудивительно. Раскрыв этот эффект, можно определить, какие гены уникальны для определенных условий.

Результаты, подробно описанные в журнале PNAS, «не должны вызывать удивления, но их количественная оценка точно важна», — говорит Гиллис. «Гений Мэгги в этой работе сводился к тому, чтобы говорить, что существуют биологические процессы, которые приводят к изменчивости».

Ворона указывает на гены, которые управляют воспалением, как пример этих биологических процессов. Эти гены замечательно активны у больных раком, но также и в других условиях, таких как болезнь Альцгеймера. Эта информация, включенная в список Джиллис и Кроу, предоставляет контекст для интерпретации этих генов.

«У нас есть один ранжированный список, и мы постарались сделать его чрезвычайно простым в использовании и расширении», — добавляет Кроу.

Надежда состоит в том, что новые данные помогут исследователям в разработке более совершенных экспериментов, обнаружении новых мишеней для лекарств и разработке методов лечения широкого спектра заболеваний ./p>

Похожие новости

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *