Команда создает онлайн базу данных для сравнения возможностей регенерации тканей у животных

Команда создает онлайн-базу данных для сравнения возможностей регенерации тканей у животных
                Предоставлено: Университет штата Мэн.

Сравнение возможностей регенеративных тканей у животных находится в центре внимания новой базы данных, созданной группой исследователей из Университета штата Мэн и биологической лаборатории MDI.
                                                                                       

Бенджамин Кинг, доцент кафедры биоинформатики в UMaine, и Виравут Инь из биологической лаборатории MDI в Бар-Харборе возглавляли команду по созданию RegenDbase, базы данных сравнительных моделей регенерации.

Хотя регенеративная способность у млекопитающих ограничена отдельными тканями, по мнению исследователей, низшие позвоночные, такие как данио и саламандры, способны регенерировать целые конечности и большинство взрослых тканей, включая сердечную мышцу.

Интернет-ресурс позволяет исследователям сравнивать паттерны экспрессии генов среди животных с различными регенеративными способностями, чтобы искать общие и уникальные паттерны экспрессии генов. Он включает в себя наборы данных по экспрессии генов для кодирующих белок генов и регуляторных молекул РНК рыбок данио, аксолотля саламандр и мышей.

Исследователи использовали новую базу данных для проведения всестороннего исследования экспрессии генов, чтобы найти РНК, общие для регенерации сердца как у новорожденных мышей, так и у рыбок данио, с использованием обширного нового набора данных данио. По данным Кинга, было идентифицировано двадцать восемь новых молекул регуляторных РНК данио рерио.

«Новый набор данных о рыбках данио позволил нам идентифицировать предполагаемые новые гены, экспрессируемые на ранних стадиях регенерации сердца», — говорит Кинг. «Эти длинные некодирующие РНК являются перспективными генами-кандидатами, которые могут регулировать белковые кодирующие гены. База данных биоинформатики обеспечивает анализ паттернов экспрессии генов на системном уровне, чтобы понять, как сети генов регулируют регенерацию тканей».

В будущем включение наборов данных из других организмов и тканей человека позволит проводить более широкие межвидовые сравнения регенеративной биологии, предполагают исследователи.

Кинг является ведущим автором «RegenDbase: сравнительная база данных по некодирующей РНК-регуляции цепей регенерации тканей по нескольким таксонам», которая недавно была опубликована в журнале npj Regenerative Medicine ./p>

Похожие новости

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *