Новая платформа микрофлюидики разделяет типы клеток для профилирования РНК

Новая платформа микрофлюидики разделяет типы ячеек для профилирования РНК
                Кредит: Мигель Рейес

Команда, возглавляемая учеными из Брод-института, Массачусетского технологического института и больницы штата Массачусетс, разработала прототип устройства, которое использует микрофлюидику для сортировки типов клеток, выделенных из клинических образцов для секвенирования РНК.
                                                                                       

«Эта платформа позволяет нам выделять определенные подмножества клеток в образце, чтобы мы могли выполнять секвенирование РНК и решать биологические вопросы в клетках разных типов», — объяснил первый автор Мигель Рейес, исследователь аспиранта в Институте Брод и кандидат наук. в MIT. «Мы скомпилировали этот сложный конвейер в единое, более доступное устройство с возможностью расширения для исследований, требующих больших когорт — аспект, с которым боролись многие инструменты анализа».

Работа появляется в Science Advances, возглавляемой Рейесом и старшими авторами Полом Блейни, основным членом Института Броуд и доцентом кафедры биологической инженерии в Массачусетском технологическом институте, и Нир Хакохен, членом института в Броуде, директор Центра иммунотерапии рака при Массачусетской больнице общего профиля и доцент Гарвардской медицинской школы.

Команда разработала свою платформу, чтобы помочь исследователям анализировать клетки с более высоким разрешением. Для крови и других типов клинических образцов секвенирование объемной РНК, при котором все клетки одного образца анализируются вместе, является стандартным анализом. Однако использование этого метода на смесях различных клеток дает ограниченную информацию о конкретных типах клеток.

Эта новая платформа может потенциально заполнить пробел между объемным РНК-секвенированием образцов крови и однокомпонентным РНК-секвенированием с высоким разрешением — процессом, который все еще трудно масштабировать для большого количества образцов.

Интегрируя процесс сортировки клеток в одно устройство, платформа, по мнению исследователей, устраняет необходимость в приобретении, программировании и мониторинге сложных роботов, работающих с жидкостью, или интеграции нескольких инструментов в рабочий процесс. Команда сравнила свою систему со стандартными подходами, обычно реализуемыми вручную, для очистки подмножеств клеток и создания библиотеки RNA-seq, и обнаружила, что она работает одинаково хорошо или лучше, но при этом более ресурсоэффективна.

В качестве пилотного анализа исследователи также сортировали и секвенировали иммунные клетки от пяти пациентов с системной красной волчанкой и пяти здоровых контрольных людей в Бригаме и Женской больнице. Они использовали платформу для выделения CD4 + T-клеток, CD8 + T-клеток, B-клеток и CD14 + клеток и определили, что классическая сигнатура экспрессии гена волчанки экспрессируется преимущественно в B-клетках.

«Существуют буквально миллионы образцов крови, которые были профилированы исключительно в форме цельной крови, без какого-либо разделения клеток, и трудно задавать вопросы о различных типах клеток только с такими данными», — сказал Хакохен. «В поле необходим экономически эффективный способ превращения образцов цельной крови в подмножества клеток, которые можно анализировать самостоятельно».

Команда представляет конвейер, в котором анализ отдельных ячеек может быть использован первым в исходной партии образцов в качестве беспристрастного инструмента обнаружения. «Затем команда могла бы использовать платформу, подобную этой, чтобы изолировать типы, которые они хотят изучать, — на масштабируемом уровне, потенциально в больших когортах, где единственная ячейка еще не осуществима», — сказал Блейни. «Мы показали, что миниатюризация и интеграция процессов для этого типа работ возможны».

Похожие новости

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *