Обнаружение крупной технической ошибки улучшит исследования эпигенетики

Обнаружение существенной технической ошибки улучшит исследование эпигенетики
                Колм Нестор, доцент, Университет Линчёпинга. Кредит: Университет Линчёпинга

Ошибка в одном из наиболее широко используемых методов эпигенетики, DIP-seq, может привести к вводящим в заблуждение результатам, показали исследователи из Университета Линчёпинга, Швеция. Это может иметь важное значение в области исследований, где большие данные и современные методы анализа ДНК используются для изучения огромного количества эпигенетических данных. Ошибка может быть исправлена ​​в ранее собранных данных DIP-seq, что может привести к новым открытиям из предыдущих исследований эпигенетики человека. Результаты были опубликованы в журнале Nature Methods.
                                                                                       

В принципе, каждая клетка имеет одинаковую последовательность ДНК. Однако разные типы клеток используют очень разные группы генов. Это означает, что дополнительные сигналы необходимы для контроля того, какие гены используются в каждом отдельном типе клеток. Один тип такого сигнала состоит из химических групп, непосредственно связанных с последовательностью ДНК. Эти химические модификации последовательности ДНК образуют часть того, что обычно называют эпигенетическим кодом. Эпигенетическая регуляция генов играет важную роль в нормальном развитии человека, но также связана со многими заболеваниями, такими как рак.

Исследователи из Университета Линчёпинга теперь обнаружили слабость одного из наиболее часто используемых методов эпигенетического исследования — секвенирования иммунопреципитации ДНК (DIP-seq). Проще говоря, этот метод основан на выделении частей ДНК, которые несут определенный эпигенетический сигнал. Для этого исследователи используют различные антитела, которые распознают определенную химическую структуру и связываются с ней. Затем антитела сортируются и определяются последовательности ДНК, с которыми они связаны. Группа Нестора заметила, что определенные эпигенетические метки всегда встречаются в одном и том же месте, даже в ДНК, которая вообще не должна содержать эти эпигенетические метки.

«Наше открытие подчеркивает важность экспериментальной валидации при использовании высокопроизводительных технологий в исследованиях. Без такой строгости эксперимента проникающие ошибки могут скрываться на виду, скрытыми их последовательностью в исследованиях», — говорит Колм Нестор, доцент в Кафедра клинической и экспериментальной медицины и ведущий исследователь исследования.

Анализируя более 125 существующих наборов данных, группа Нестора обнаружила, что DIP-seq обычно обнаруживает последовательности ДНК, которые не имеют эпигенетических меток. Эти ложные срабатывания составляют 50-90 процентов обнаруженных областей ДНК, и величина эффекта различается для разных наборов данных. «Теперь, когда мы знаем об этой ошибке, ее очень просто вычесть. Исправление этих ошибок позволит сделать новые открытия должно быть сделано из огромного количества эпигенетических данных, уже находящихся в открытом доступе «, — говорит Колм Нестор.

Исследователи отмечают, что подавляющее большинство результатов предыдущих исследований верны.

«Мы должны продолжать использовать эти методы, но исправлять эти ошибки, используя соответствующий экспериментальный дизайн», — говорит Колм Нестор./p>

Похожие новости

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *