Свободные, общедоступные данные о здоровье оказались золотым прииском для исследований

Бесплатные общедоступные данные о здоровье оказываются исследовательским золотым рудником
                Слева направо: Пинаки Бозе и Лубаба (Арна) Хан собрали большие данные, чтобы попытаться объяснить, почему некоторые больные раком отвечают на иммунотерапию, а другие — нет. Результаты опубликованы в Nature Communications. Предоставлено: Райли Брандт, Университет Калгари.

Это популярный вопрос: чем ты занимался летом? Для Лубаба (Арны) Хана лето 2018 года будет тем, которое она никогда не забудет.
                                                                                       

Это началось с высокой ноты и закончилось еще более высокой. В июне Хан прошел через сцену, чтобы получить степень бакалавра медицинских наук в Университете Калгари. Она получила награду O’Brien Center Summer Studenthips, получив исследовательскую работу у доктора наук Пинаки Босе. Затем, неожиданно, она сделала открытие, которое может помочь больным раком во всем мире.

Хан провел лето, сгорбившись за компьютером, интерпретирующим бесплатные, общедоступные данные о здоровье и геномике. «Биоинформатика — это новый рубеж в медицинской науке», — говорит Хан. «Я начал свое медицинское образование в качестве студента-биомедика, изучая клетки под микроскопом, но изучая биологию рака с помощью компьютера, открывает новый способ мышления об исследованиях».

Хан сравнивал различия между генами, обнаруженными в раковых клетках, и генами, обнаруженными в нормальных клетках. Работая под руководством Бозе, Хан научился строить вопросы и гипотезы. Это было ухабистое начало.

«Мы хотели выяснить, как иммунные гены в раковых клетках могут быть связаны с реакцией иммунотерапии. Там ничего не было, и мы были разочарованы», — говорит Бозе, адъюнкт-профессор кафедры биохимии и молекулярной биологии. и онколог, а также является членом Института рака Арни Шарбонно при Медицинской школе Камминга.

«Мы изменили наше внимание и обнаружили, что другой набор генов, связанных с внеклеточным матриксом, напрямую связан с реакцией раковых пациентов на иммунотерапию».

Иммунотерапия стала популярным методом лечения некоторых видов рака. Он использует собственную иммунную систему организма, чтобы атаковать и убивать раковые клетки. Лечение является эффективным, но только для избранных, от 20 до 30 процентов пациентов. Нет четкого понимания того, почему некоторые люди реагируют на иммунотерапию лучше, чем другие.

Внеклеточный матрикс может содержать некоторые ответы; он растет внутри и вокруг здоровых и раковых клеток.

«Мы обнаружили, что гены, связанные с внеклеточным матриксом, чрезмерно продуцируются у пациентов, которые не реагируют на иммунотерапию», — говорит Бозе, который также является директором трансляционных исследований для Инициативы Ohlson Research. «Эти гены вырабатываются клетками, окружающими опухоль, и они образуют барьер, который помогает раковым клеткам уклоняться от обнаружения иммунной системой».

Команда UCalgary поделилась этим открытием с исследователями из Университета Торонто, которые подтвердили результаты, опубликованные в Nature Communications. «Я был как, вау, я студент. Я не осознавал, насколько это важно, пока доктор Бозе не указал, насколько значительным может быть это открытие в лечении рака. Это отчасти выбило меня из колеи, но я был очень взволнован в то же время, — говорит Хан, один из первых авторов исследования.

Исследователи более внимательно изучили свои выводы и обнаружили генную сигнатуру, которая может привести к разработке простого теста, который поможет определить, какие пациенты выиграют от иммунотерапии. Следующим шагом будет проверка результатов в лаборатории.

«Анализ больших данных не заменит эталонную науку, но это отличный инструмент для построения гипотез и получения новых идей», — говорит Бозе.

Для Хана этот опыт изменил ход ее будущих занятий. Она всегда планировала получить степень магистра в области общественного здравоохранения и теперь видит будущее, сосредоточенное на анализе данных, а не на сборе данных.

Похожие новости

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *