Анализ наборов данных CRISPR-Cas9 приводит к крупнейшему генетическому скрининговому ресурсу для исследования рака

crispr-cas9
                Кредит: CC0 Public Domain

Комплексная карта генов, необходимых для выживания рака, на один шаг ближе после проверки двух крупнейших генетических скринингов CRISPR-Cas9 в 725 моделях рака по 25 различным типам рака. Ученые из Wellcome Sanger Institute и Broad Institute of MIT и Harvard сравнили согласованность двух наборов данных, независимо проверяя методологию и результаты.
                                                                                       

Результаты, опубликованные сегодня в Nature Communications, означают, что эти два набора данных могут быть объединены для формирования самого большого генетического скрининга раковых клеточных линий на сегодняшний день, что послужит основой для Карты зависимостей от рака около 1000 моделей рака. Масштаб этого комбинированного набора данных поможет ускорить открытие и разработку новых лекарств от рака.

Инициатива «Карта зависимостей от рака» (Cancer DepMap) направлена ​​на создание подробного списка правил точного лечения рака для пациентов. Два ключевых элемента Cancer DepMap — это картирование генов, критических для выживания раковых клеток, и аналитика полученных наборов данных. Несмотря на недавние успехи в исследованиях рака, для того, чтобы сделать точную медицину широко доступной для больных раком, требуется много новых мишеней для лекарств.

Чтобы найти эти лекарственные мишени, исследователи Cancer DepMap берут опухолевые клетки у пациентов, чтобы создать клеточные линии, которые можно выращивать в лаборатории. Затем они используют технологию CRISPR-Cas9 для редактирования генов в этих раковых клетках, отключая их один за другим, чтобы измерить, насколько они важны для выживания рака. Результаты этих экспериментов показывают, какие гены с наибольшей вероятностью могут стать жизнеспособными лекарственными мишенями.

В этом новом исследовании исследователи проанализировали данные двух недавно опубликованных генетических скринингов CRISPR-Cas9, проведенных на линиях раковых клеток в Институтах Брод и Сэнгера. Несмотря на значительные различия в экспериментальных протоколах, команда обнаружила, что результаты скрининга соответствовали друг другу. Важно отметить, что в обоих наборах данных были обнаружены одни и те же гены, необходимые для выживания рака — известные как зависимости.

р. Клэр Пачини, первый автор исследования из Института Wellcome Sanger и Open Targets, сказала: «Экраны CRISPR-Cas9 института Sanger и Broad были созданы с использованием слегка отличающихся протоколов, таких как продолжительность роста клеток и используемые реагенты. Для проверки каждого института Набор данных, мы повторили скрины CRISPR-Cas9, используя протоколы, которые первоначально использовались в другом Институте. Важно, что мы обнаружили одинаковые генетические зависимости в каждом, что означает, что новые идентифицированные мишени для лекарственного средства согласованы. «

Авиад Черняк из Обширного института Массачусетского технологического института и Гарварда сказал: «Это первый анализ такого рода, и он действительно важен для всего сообщества исследователей рака. Мы не только воспроизвели общие и специфические зависимости между двумя наборами данных , но мы взяли биомаркеры генной зависимости, обнаруженные в одном наборе данных, и восстановили их в другом. Наш анализ был беспристрастным, строгим и доказывает правдивость подхода и выявленные лекарственные цели. «

В 2013 году результаты сравнения двух крупных фармакогеномных наборов данных с использованием моделей рака, использованных в этом исследовании, вызвали озабоченность по поводу воспроизводимости проведенных экспериментов. Дальнейшие независимые публикации в конечном итоге подтвердили надежность и согласованность этих двух ресурсов, восстановив уверенность в надежности крупномасштабных проверок на наркотики, но этот эпизод замедлил прогресс исследований рака.

В этом исследовании подтверждается воспроизводимость функциональных генетических скринингов CRISPR-Cas9 с целью устранения любых сомнений в их эффективности. Он устанавливает строгие стандарты для оценки этих новых типов наборов данных, облегчая сравнение и интеграцию больших баз данных зависимостей от рака.

р. Франческо Иорио, из Wellcome Sanger Institute и Open Targets, сказал: «Стоит помнить, что когда эти наборы данных были первоначально созданы, мы имели дело с новой, непроверенной технологией. Это исследование важно, потому что оно демонстрирует достоверность экспериментальных методов и согласованность данных, которые они производят. Это также означает, что два больших набора данных о зависимости от рака совместимы. Объединив их, мы получим доступ к гораздо большей статистической мощности, чтобы сузить список целей для лечения рака следующего поколения. «/р>

Похожие новости

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *