Некоторые генетические последовательности не способны анализировать большие сегменты ДНК

Некоторое генетическое секвенирование не позволяет анализировать большие сегменты ДНК
                Повторный анализ клинических испытаний в трех основных лабораториях США показал, что секвенирование всего экзома обычно не позволяет адекватно анализировать большие сегменты ДНК. Эксперты UT Southwestern, проводившие обзор, говорят, что полученные данные свидетельствуют о широко распространенной проблеме для клинических лабораторий. Кредит: UTSW

Дети, которые подвергаются обширному генетическому секвенированию, могут не проходить тщательный анализ ДНК, которого ожидали их родители, говорят эксперты из юго-западного медицинского центра UT.
                                                                                       

Обзор клинических испытаний, проведенных в трех основных лабораториях США, показывает, что целое секвенирование экзома обычно не позволяет адекватно анализировать большие сегменты ДНК, что является потенциально критическим недостатком, который может помешать врачам точно диагностировать потенциальные генетические нарушения, от эпилепсии до рака.

Повторный анализ, проведенный UT Southwestern, показывает, что каждая лаборатория в среднем адекватно исследовала менее трех четвертей генов — 34, 66 и 69 процентов охвата — и имела поразительно широкие пробелы в их способности выявлять конкретные расстройства.

Исследователи говорят, что они провели исследование, потому что они считают, что огромные различия в качестве тестирования являются эндемическими для клинического генетического секвенирования, но не были хорошо документированы или доведены до сведения клиницистов.

«Многие врачи, которые заказывают эти анализы, не знают, что это происходит», — говорит Джейсон Парк, доктор медицинских наук, доцент кафедры патологии в юго-западном штате Юта. «Многие из их пациентов являются маленькими детьми с неврологическими расстройствами, и они хотят получить наиболее полный диагностический тест. Но они не понимают, что целое секвенирование exome может пропустить что-то, что обнаружит более целенаправленный генетический тест».

Секвенирование всего экзома, метод анализа генов, продуцирующих белки, все чаще используется в здравоохранении для выявления генетических мутаций, вызывающих заболевание — в основном у детей, но также и у взрослых с редкими или невыявленными заболеваниями. Однако Парк говорит, что процесс полного анализа приблизительно 18 000 генов в экзоме по своей сути сложен и подвержен недосмотрам. Около половины тестов не указывают на мутацию.

Новое исследование, опубликованное в Clinical Chemistry, дает представление о том, почему некоторые анализы могут оказаться отрицательными.

Исследователи повторно проанализировали тесты exome 36 пациентов, проведенные в период между 2012 и 2016 годами по 12 в каждой из трех национальных клинических лабораторий, и обнаружили резко контрастирующие результаты и несоответствие, с которым гены были полностью проанализированы. Ген не считали полностью проанализированным, если только лаборатория не достигла общепринятого в отрасли порога для адекватного анализа всей ДНК, кодирующей белок, что определяется как секвенирование этого сегмента не менее 20 раз за тест.

Некоторое генетическое секвенирование не позволяет анализировать большие сегменты ДНК
                Доктор Джейсон Парк рассматривает и интерпретирует результаты генетического теста, используя базы данных, которые каталогизировали сотни тысяч генетических вариантов. Повторный анализ клинических испытаний в трех основных лабораториях США показал, что секвенирование всего экзома обычно не позволяет адекватно анализировать большие сегменты ДНК. Кредит: UTSW

Примечательно, что менее 1,5% генов были полностью проанализированы во всех 36 образцах. Обзор тестов одной лаборатории показал, что 28 процентов генов никогда не были адекватно исследованы, и только 5 процентов всегда были охвачены. Другая лаборатория постоянно покрывала 27 процентов генов.

«И все начинает разваливаться, когда вы начинаете думать об использовании этих тестов для исключения заболевания», — говорит Пак. «Отрицательный результат exome не имеет смысла, когда так много генов не проанализированы полностью».

Например, шансы обнаружить эпилептическое расстройство по любому из 36 тестов широко варьировались в зависимости от того, какие гены были проанализированы. Одна лаборатория провела несколько тестов на пациентах, которые полностью исследовали более трех четвертей генов, связанных с эпилепсией, но в той же лаборатории были три других образца пациентов, в которых менее 40 процентов были полностью проанализированы.

Три теста из другой лаборатории показали менее 20 процентов.

«Когда мы увидели эти данные, мы сделали обычной практикой опрашивать лаборатории об охвате конкретными генами», — говорит Гаррет Готвей, доктор медицинских наук, клинический генетик из юго-запада ЮТ, который является соответствующим автором исследование. «Я не думаю, что вы можете ожидать полного охвата 18 000 генов каждый раз, но справедливо ожидать 90% или более».

Результаты основаны на предыдущих исследованиях, которые показали схожие пробелы и различия в секвенировании всего генома, метод, который исследует все типы генов, независимо от того, производят ли они белки.

Gotway говорит, что он надеется, что результаты побудят больше врачей спрашивать лаборатории о том, какие гены были охвачены, и добиваться улучшения согласованности качества тестирования. Он также призывает врачей — даже перед заказом теста — подумать, является ли последовательность всего экзома лучшим подходом для пациента.

«Клинические exomes могут быть полезны в сложных случаях, но вам, вероятно, не нужен один, если у ребенка эпилепсия и у него нет других осложняющих клинических проблем», говорит Gotway. «Есть хороший шанс, что тест exome вернется к отрицательному результату, и родители все еще задаются вопросом о генетической основе болезни своего ребенка».

В этих случаях Gotway предлагает заказать меньший генетический тест, который полностью анализирует группу генов, связанных с этим заболеванием. Он говорит, что они дешевле и с такой же вероятностью помогут врачам найти ответы.

Похожие новости

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *