Новое программное обеспечение с открытым исходным кодом оценивает точность компьютерных предсказаний генетики рака

генетический
                Кредит: CC0 Public Domain

Рак часто состоит из множества клеток, которые генетически отличаются друг от друга. Эти генетические различия означают, что рак может быть особенно восприимчивым или устойчивым к данному лечению. В результате выявление этих вариаций может помочь врачам решить, какое лечение наиболее вероятно будет успешным для конкретного пациента.
                                                                                       

Поскольку простые клинические методы тестирования на генетическую изменчивость подвержены отсутствию значительной изменчивости между клетками, недавно были разработаны компьютерные инструменты для прогнозирования и характеристики генетического разнообразия в клинических образцах опухолей. Однако не существует общепринятого подхода к сравнительному анализу для определения наиболее точных вычислительных методов.

В исследовании, опубликованном в Nature Biotechnology, было разработано программное обеспечение с открытым исходным кодом, которое можно использовать для оценки точности компьютерных прогнозов и установления этого ориентира.

Команда разработала систему моделирования и систему оценки, чтобы определить, насколько точно каждый алгоритм предсказывает различные меры генетического разнообразия. К ним относятся: доля раковых клеток в образце опухоли; количество генетически различных групп раковых клеток в образце опухоли; доля клеток в каждой из этих групп; какие генетические мутации были в каждой группе; и генетические отношения между группами.

«Наша новая структура обеспечивает основу, которая со временем, когда она будет работать с большим количеством опухолей, мы надеемся, станет очень необходимым, беспристрастным, золотым стандартом, инструментом для оценки моделей, предназначенных для характеристики генетического разнообразия опухоли». говорит ведущий автор Максим Тарабичи, постдок в лаборатории геномики рака в Крик.

Исследователи опирались на существующее компьютерное программное обеспечение для генерации и анализа 580 прогнозов в этом исследовании, добавляя новые функции в программное обеспечение для создания более реалистичных опухолей. Это программное обеспечение для моделирования опухолей и система маркировки общедоступны для использования другими исследователями либо непосредственно, либо для помощи в разработке их собственной системы оценки.

«Компьютерное моделирование в геномике рака помогает нам разрабатывать более точные инструменты, так как мы понимаем, где эти инструменты работают хорошо, и где они нуждаются в улучшении», — говорит автор Питер Ван Лу (Peter Van Loo), руководитель группы в лаборатории генома рака в Crick. «Дальнейшая разработка этих инструментов, чтобы они более точно соответствовали реальным опухолям, должна в конечном итоге помочь клиницистам лучше подбирать пациентов с персонализированными лекарствами».

Похожие новости

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *