Прогресс в разгадке тайны геномики болезни Паркинсона

Прогресс в раскрытии тайны геномики болезни Паркинсона
                Обзор стран, включенных в настоящее время в усилия, связанные с IPDGC и IPDGC. IPDGC=Международный консорциум по геномике болезни Паркинсона, LARGE-PD=Латиноамериканский исследовательский консорциум по генетике болезни Паркинсона, Lux GIANT=Люксембургско-германо-индийский альянс по нейродегенеративным заболеваниям и терапии. Предоставлено: Лаборатория нейрогенетики, Национальный институт старения, Национальные институты здоровья, Бетесда, MD, США.

Международный консорциум по геномике болезни Паркинсона (IPDGC) существует уже десять лет. В статье, опубликованной в Журнале о болезни Паркинсона, консорциум рассматривает прогресс, достигнутый за последнее десятилетие в области геномики болезни Паркинсона (БП) и связанных с ней расстройств, включая болезни тела Леви, прогрессирующий надъядерный паралич и множественные система атрофии и смотрит в будущее на ее будущее направление и исследовательские приоритеты.
                                                                                       

Так как PD был впервые определен, подозревалось, что был генетический компонент. В июне 2009 года небольшая группа исследователей собралась, чтобы обсудить потенциальный исследовательский альянс, сфокусированный на генетике БП. Результатом стало создание IPDGC, группы, сосредоточенной на совместных генетических исследованиях, основанных на доверии, совместном использовании и «как можно меньше бумажной работы». Эта статья суммирует усилия IPDGC на сегодняшний день и помещает их в контекст десятилетнего прогресса в геномике БП. В нем также обсуждаются будущие направления деятельности IPDGC и заявленные приоритеты в области исследований на следующее десятилетие.

«IPDGC родилась из осознания того, что ни один исследователь не может выполнить обещание современной человеческой генетики в изоляции», — объяснил ведущий автор Эндрю Синглтон, доктор философии, лаборатория нейрогенетики, Национальный институт старения, Национальный Институты Здоровья, Bethesda, MD, США. «Мы поняли, что для того, чтобы по-настоящему использовать невероятные достижения генетических технологий в пространстве ПД, в масштабах потребуется совместный подход. Это понятие объединяет небольшую группу генетиков ПД вместе с общей целью построения эффективных, прозрачных и функциональное сотрудничество. «

С момента своего создания IPDGC значительно выросла, и теперь в нее входят более 100 ученых со всего мира, которые проводят совещания не реже одного раза в год. Центр также расширился, чтобы включить клиническое и функциональное исследование PD в масштабе. Совсем недавно IPDGC инициировала крупные исследования в Восточной Азии и Африке и отдала приоритет сотрудничеству с текущими крупными усилиями в Индии и Южной Америке.

«Скоординированный анализ данных общегеномных ассоциаций (GWA), возможно, был первым успехом IPDGC и продолжал оставаться основой нашей работы», — отметил д-р Синглтон. Эта работа была сосредоточена на имеющемся геномном генотипировании SNP для случаев и контрольных групп членов IPDGC из США, Канады, Англии, Уэльса, Нидерландов, Франции, Германии, Италии, Испании, Австрии, Финляндии, Норвегии, Эстонии и Австралии. , Эти исследования включали сотрудничество внутри IPDGC и с группами из промышленности, включая Genentech и 23andMe. Разнообразие источников и размер этих серий образцов значительно выросли, начиная с первых попыток, которые сосредоточены примерно на 1500 случаях и аналогичного количества контролей, до самых последних усилий, которые включали плотное генотипирование в более чем 50 000 случаев и прокси-случаев, и около 1,4 миллиона контролей. Как и в случае других расстройств, с ростом объема выборки увеличивается мощность и количество обнаруженных локусов. В настоящее время известно около 90 вариантов риска развития БП.

Сотрудничество между членами IPDGC способствовало углублению знаний, в том числе:

  • Открытие того факта, что ткани мозга в целом и, в частности, нейроны нигры, имеют решающее значение в процессе заболевания, и это совершенно поразительно контрастирует с тем, что наблюдается при болезни Альцгеймера, при которой иммунные клетки являются ключевым фактором генетического риска.
  • Применение методов оценки наследуемости, таких как анализ комплексных признаков по всему геному (GCTA) и регрессия балльной оценки неравновесия по сцеплению (LDSC), что позволяет предположить, что 16-36% вероятности заболевания обусловлено общей генетической изменчивостью.
  • Используя в качестве основы большие наборы генетических данных IPDGC (в настоящее время включающие более 20 000 случаев и 20 000 контролей), можно выполнить несколько расширенных анализов, чтобы предсказать заболевание, назначить больше «функций» или биологии локусам GWAS и выявить потенциальные заболевания. релевантные пути.
  • Идентификация новых генов или путей, связанных с PD, таких как мутации VPS13C, как причина возникновения PD с молодым началом.
  • Создание ресурсов, включая массив генотипирования разработки и просматриваемый результат п возраст.
  • Предоставление сообществу исследователей легкого доступа к результатам, которые могут быть использованы и понятны для фундаментальных исследователей. В настоящее время разрабатываются браузер секвенирования IPDGC и браузер IPDGC GWAS.

Будущие проблемы, выявленные консорциумом, включают расширение известной генетической архитектуры; генетика в разных предках; современное когортное строительство; и создание ресурсов ПД для исследовательского сообщества.

Важность распространения генетического риска в неевропейских популяциях предков заставила консорциум вкладывать больше средств в проведение исследований в недопредставленных группах. При поддержке Фонда Майкла Дж. Фокса по исследованиям Паркинсона, IPDGC начал масштабные усилия в Юго-Восточной Азии, Китае и по всей Африке. Он также тесно сотрудничает с коллекциями в Индии, LUX-GIANT и LARGE-PD.

«Область генетики БП сильно изменилась за последние десять лет», — прокомментировал доктор Синглтон. «Произошел экспоненциальный рост нашего понимания генетической архитектуры заболевания и лучшего понимания того, как приступить к генетическому преследованию БП.

«Наш путь в будущем обещает расширить эту работу и использовать ее клинический, механистический и биологический потенциал. Таким образом, хотя мы считаем, что работа IPDGC оказала значительное и продолжительное влияние на нашу область в течение последних десяти лет, мы еще больше взволнован курс, который мы наметили в течение следующего десятилетия. «/p>

Похожие новости

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *