Нераспознанная генетическая изменчивость в исследованиях на мышах может влиять на иммунные клетки

микробиология
                Кредит: CC0 Public Domain

Врожденные штаммы мышей, которые десятилетиями использовались в исследованиях в области иммунологии и предположительно были генетически идентичны за пределами маркерного локуса, содержат ранее нераспознанные генетические вариации, сообщили исследователи из Университета Алабамы в Бирмингеме в исследовании, опубликованном в журнале <я> Иммунитет.
                                                                                       

Команда, возглавляемая иммунологом Эми Вайнманн, доктором философии, и первым автором Даниэль Чисолм, доктором философии, бывшим аспирантом Вайнмана, который в настоящее время является докторантом в Национальных институтах здравоохранения, обнаружили эту генетическую вариацию после экспериментов. о влиянии микробных метаболитов на Т-клетки дали противоречивые данные и вызвали ноющие вопросы.

«Мы поняли, что неизвестная экспериментальная переменная влияет на интерпретацию наших результатов», — сказал Вайнманн, профессор кафедры микробиологии UAB. «В этот момент мы переключили наше внимание на выявление этой неизвестной переменной. Если вы думаете об исследовании как о головоломке, мы достигли точки, когда мы знали, что упускаем ключевой кусок головоломки, и мы не могли идти дальше, не найдя сначала недостающий кусок. «

Чтобы найти ответ, исследователи UAB адаптировали существующие инструменты информатики и разработали новую стратегию для выявления областей генома, которые отличаются от наиболее часто используемого генетического фона мыши. Их новые подходы помогут исследователям идентифицировать и определить генетические вариации среди штаммов мышей в областях, представляющих интерес для хромосом.

В исследовании Weinmann с коллегами проанализировали несколько штаммов мышей, предположительно генетически идентичных за пределами локуса генного маркера CD45. К их удивлению, они обнаружили, что большие области генома содержат генетические изменения. Это указывало на то, что генетическое содержание в этих обычно используемых штаммах мышей может не соответствовать тому, что исследователи давно предполагали, и это может повлиять на интерпретацию данных, полученных на этих моделях мышей.

«Различия включали области, охватывающие гены иммунологической важности для возвращения иммунных клеток, истощения Т-клеток, дифференцировки Т- и В-клеток и врожденных иммунных реакций», — сказал Вайнманн. Кроме того, оказалось, что количество и местоположение вариаций генетического материала вокруг гена для CD45 различаются у штаммов, продаваемых тремя основными продавцами мышей для биомедицинских исследований. Следовательно, влияние исследования UAB выходит далеко за рамки их первоначальных экспериментов с микробиомом, и оно предупредило исследователей, использующих мышиные модели, к неожиданной переменной в их экспериментах.

Таким образом, исследование предоставляет ценную информацию для исследователей о генетическом содержании моделей мышей, широко используемых в исследованиях иммунологии. Важно отметить, что он также предоставляет новую стратегию, которую исследователи могут использовать для определения регионов с генетическим изменением в любой модели мыши.

Национальные институты здравоохранения подчеркивают важность строгости и воспроизводимости в научных исследованиях, и этот вывод UAB проливает свет на экспериментальную переменную, которая ранее оставалась непризнанной в иммунологических исследованиях. Полученные данные свидетельствуют о том, что во всех исследованиях необходимо указывать точные штаммы и источники мышей, а исследователям необходимо планировать эксперименты с учетом этих генетических переменных.

Вайнман и Чисолм уподобили свой акцент в исследовательской работе проблемной мозаике.

«Когда вы начинаете с коробки с кусочками головоломки, вы предполагаете, что кусочки головоломки составят картину на обложке коробки», — сказал Вайнманн. «Но что происходит, когда кусочки в коробке — это другая головоломка?»

«Когда мы начинали этот проект, мы думали, что собираем картину метаболитов, иммунных клеток и микробиома. Однако после того, как мы определили все кусочки головоломки в нашей коробке, мы фактически посмотрели на картину генетического разнообразия. «.

Таким образом, проект начался с одной цели и превратился в нечто совершенно иное. «Это иллюстрирует важность непредвзятости в интерпретации данных и достаточной открытости, чтобы следить за данными, куда бы они ни шли», — сказал Вайнман.

Похожие новости

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *