Характеризуя изменения РНК при раке

Характеризация изменений РНК при раке
                Впечатление художников о сети слияния генов. Предоставлено: Изображение предоставлено Нуно Фонсека, под редакцией Спенсера Филлипса.

Исследователи из EMBL-EBI были в числе лидеров крупного международного консорциума, который провел совместный анализ данных более 1000 доноров с более чем 25 типами рака, изучая данные по их полному геному вместе с данными транскриптома опухоли, что указывает на гены, которые активны в опухоли. Эти данные представляют собой крупнейший на сегодняшний день сравнительный ресурс раковых специфических изменений РНК, сопоставленных с данными секвенирования всего генома.
                                                                                       

Рак — это заболевание, вызванное мутациями, возникающими в нашей ДНК, вызванными факторами окружающей среды или старением. Менее изучено, как эти изменения в геноме изменяют нашу РНК. Необходимы дополнительные исследования, чтобы понять, какие из изменений в РНК являются следствием мутаций, а какие способствуют прогрессированию рака.

Это исследование было опубликовано в журнале Nature в рамках международного сотрудничества более 1300 ученых, известного как пан-раковый анализ всего генома (PCAWG). В этом исследовании приняли участие более 10 исследовательских групп в рамках более крупного проекта Pan-Cancer, целью которого было разработать наиболее полный каталог изменений РНК при раке, включая экспрессию транскрипта, сплайсинг, альтернативную активность промотора и слияния.

Изменения РНК при раке

Различия в экспрессии РНК, сплайсинге и вариациях изоформ связаны со многими типами рака. Здесь исследователи использовали транскриптомное профилирование для анализа специфических для рака изменений, обнаруженных в РНК опухоли. Исходя из этого, они определили множество разнообразных и недооцененных механизмов изменения генома рака, которые еще предстоит выявить только с помощью анализа ДНК.

«Хотя рак вызван изменениями в ДНК организма, эти изменения также проявляются через РНК», — говорит Элвис Бразма, старший руководитель группы функциональной геномики и старший научный сотрудник EMBL-EBI. «Мы показали, что зачастую легче обнаружить важные изменения ДНК, глядя на РНК».

Ракоспецифичные слияния

«Мы обнаружили сотни изменений в геноме рака, которые мы могли бы связать с другими молекулярными изменениями, происходящими в клетке», — говорит Бразма. «Некоторыми из наиболее интересных были гены химер, в которых часть одного гена слита с частью другого. Мы смогли построить классификацию того, как эти гены химер возникают при раке».

Похожие новости

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *