Браузер генома UCSC публикует геном коронавируса

Браузер генома UCSC публикует геном коронавируса
                Структура вируса состоит по меньшей мере из трех вирусных белков: белка спайка, мембранного белка и белка оболочки. Предоставлено: Механизмы проникновения в клетки коронавируса, опосредованные вирусом вирусного спайка. Belouzard et al., Ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3397359/

Научно-исследовательский институт геномики Калифорнийского университета в Санта-Круз будет содействовать исследованию нового вируса пневмонии на рынке морепродуктов в Ухане, смертельного «коронавируса», который вынудил правительство Китая изолировать более 50 миллионов человек в густонаселенном промышленном центре страны. Команда Genome Browser Института геномики опубликовала полный биомолекулярный код вируса для использования исследователями во всем мире.
                                                                                       

«Когда мы отображаем данные о коронавирусе в UCSC Genome Browser, это позволяет исследователям посмотреть на структуру вируса и, что более важно, работать с ним, чтобы они могли исследовать, как они хотят его атаковать», — сказал инженер UCSC Genome Browser Хирам Клоусон.

Образцы вируса были обработаны в лабораториях по всему миру, а необработанная информация о его генетическом коде была отправлена ​​во всемирное хранилище геномной информации в Национальном центре биоинформатики Национального института здравоохранения (NCBI) в Бетесде. , Штат Мэриленд.

«NCBI — это всемирное хранилище, созданное в самые первые годы геномики», — сказал Клоусон. «Когда люди находят новые вирусы, они отправляют их в NCBI, и NCBI присваивает им имя и номер, чтобы каждый мог обратиться к точному образцу. Как только они обработали геномную информацию, она стала доступна всему миру из базы данных. . «

Оттуда UC Santa Cruz Genome Browser обрабатывает информацию для визуального отображения вируса.

NCBI назвал вирус пневмонии на рынке морепродуктов в Ухане 2019-nCoV, что означает новый коронавирус, открытый в 2019 году.

Калифорнийский университет в Санта-Крузе получил информацию, состоящую из 29 903 нуклеотидов — пар оснований, составляющих молекулы ДНК и РНК, которые кодируют всю жизнь на Земле.

«Когда мы получаем эти данные из NCBI, это один файл с буквами из ДНК или РНК (A, C, G и T)», — сказал Клоусон. «Это одна из одноцепочечных РНК, относительно простая структура.

Эта информация обрабатывается и помещается в базу данных, где браузер Genome может получить доступ к материалу и отобразить его в веб-браузере в гораздо более полезном формате.

«Что делает Genome Browser таким ценным, это то, что он настолько визуален», — сказал Клоусон. «Это очень ясно показывает, где все находится, поэтому, когда люди проводят интересные измерения относительно генома вируса, они могут видеть, на что они смотрят», — сказал Клоусон.

Исследователи могут увеличивать и уменьшать масштаб генома. Это позволяет им видеть пары оснований на самом детальном уровне. Или они полностью уменьшают масштаб и видят 10 отдельных генов, которые составляют 29 903 пары оснований.

Браузер также содержит дорожку CRISPR, которая позволяет исследователям видеть, где они могут склеивать генетический материал и как они могут его разрезать. С CRISPR исследователи могут редактировать генетический материал, чрезвычайно ценный инструмент для определения того, какие гены и что делают.

«В случае с этим вирусом, — сказал Клоусон, — существует приблизительно десять генов, и самый большой из них — это остроконечный белок», что относится к химическому отделу позвоночника, который вирус использует для зацепления клеток человека и захвата их клеточных механизмов для воспроизводить себя. «Таким образом, они могут внести изменения, чтобы увидеть, делает ли он остаточный белок более или менее вирулентным».

Браузер также позволяет создавать аннотации, поэтому исследователи по всему миру могут сотрудничать и делиться экспериментальной информацией.

Чтобы просмотреть геном коронавируса, посетите сайт: genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=wuhCor1

Для получения дополнительной информации о UCSC Genome Browser в Институте геномики UC Santa Cruz, пожалуйста, посетите: https://genome.ucsc.edu//p>

Похожие новости

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *