CRG стандартизирует анализ данных COVID-19, чтобы помочь международным исследованиям

covid-19
                Кредит: CC0 Public Domain

Исследователи из Центра геномного регулирования (CRG) запустили новую базу данных для продвижения международных исследовательских работ по изучению COVID-19.
                                                                                       

Общедоступный бесплатный ресурс (covid.crg.eu) может быть использован исследователями со всего мира для изучения того, как различные вариации вируса растут, мутируют и производят белки.

«Ученые работают круглосуточно, чтобы понять SARS-CoV-2, вирус, вызывающий COVID-19, чтобы мы могли найти его слабые места и победить его. Огромное количество научных данных публикуется по всему миру, «говорит Ева Новоа, исследователь из CRG в Барселоне.

«Однако некоторые технологии, которые мы используем для изучения SARS-CoV-2, такие как секвенирование РНК из нанопор, настолько новы, что результаты одной статьи не сопоставимы с другой из-за множества различных стандартов и методологий. Мы собираем все эти данные и анализируем их, чтобы они соответствовали более универсально сопоставимому стандарту. Это поможет исследователям более быстро и точно определить сильные и слабые стороны коронавируса. «

Чтобы понять, как коронавирус растет, мутирует и размножается, ученые должны упорядочить РНК COVID-19. Последовательность РНК раскрывает важную информацию о белках, которые вирус производит для проникновения в клетки человека и размножается, что, в свою очередь, информирует правительства об инфекционности и тяжести пандемии.

Традиционные инструменты секвенирования могут занять много времени для получения результатов. В последние годы данные о секвенировании в реальном времени стали реальностью благодаря использованию технологий секвенирования нанопор, революционному исследованию геномики и мониторингу вспышек заболеваний. Последовательность нанопор предоставляет ученым и врачам немедленный доступ к информации о последовательности ДНК и РНК любой живой клетки в режиме реального времени, что позволяет быстро реагировать на угрозу пандемии.

Однако необработанные данные, полученные в результате секвенирования нанопор, очень сложны. Ученым и клиницистам в настоящее время не хватает систематических руководств для воспроизводимого анализа данных, что ограничивает огромный потенциал зарождающейся технологии.

Для стандартизации анализа общедоступных данных о секвенировании нанопор SARS-CoV-2 исследователи из Центра геномной регуляции (CRG) в Барселоне используют MasterOfPores, компьютерную программу, разработанную группой Eva Novoa и подразделением биоинформатики CRG. Программное обеспечение было впервые описано на прошлой неделе в Frontiers in Genetics.

«Интернет и растущая культура открытой науки, обмена данными и препринтов изменили исследовательскую среду. Инфраструктура, для создания которой потребуется несколько месяцев, чтобы исследовать возникающий вирус, теперь может быть создана всего за несколько дней благодаря новым научным исследованиям. вычислительные подходы «, — говорит Юлия Пономаренко, руководитель отдела биоинформатики в CRG.

MasterOfPores может быть запущен на любой Unix-совместимой ОС на компьютере, в кластере или в облаке без необходимости установки какого-либо дополнительного программного обеспечения или зависимостей и свободно доступен в Github. Публично доступный бесплатный ресурс в настоящее время проанализировал 3 ТБ данных секвенирования РНК SARS-CoV-2. Исследователи CRG продолжат обновлять ресурс новыми данными, как только он станет доступным.

Похожие новости

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *