Пилотное исследование секвенирования кишечной микробиоты при раке толстой кишки

Пилотное исследование последовательности микробиоты кишечника при раке толстой кишки
                Доктор Виктор Морено и его команда Авторы: Институт биомедицинских исследований Bellvitge, IDIBELL

Кишечная микробиота, состоящая из микроорганизмов, которые живут в нашем кишечнике, может дать нам информацию о нашем здоровье, поскольку ее состав может зависеть от таких факторов, как диета, образ жизни или наши патологии. Более того, знание того, какие именно бактерии находятся в нашем кишечнике, может помочь в прогнозировании таких заболеваний, как рак толстой кишки. Новые достижения в методах секвенирования генома и инструментах биоинформатики, которые позволяют нам анализировать данные, помогли нам выявить тысячи новых микроорганизмов, присутствующих в нашем кишечнике, путем анализа их генома.
                                                                                       

Команда исследователей из Института биомедицинских исследований Bellvitge (IDIBELL) и Каталонского института онкологии (ICO) провела пилотный тест для анализа генома кишечной микробиоты. В этом исследовании они проанализировали, используя два различных метода секвенирования, биопсию толстой кишки и образцы кала от девяти пациентов. Целью было внедрение методов секвенирования и инструментов анализа биоинформатики.

Это первое исследование проекта, цель которого быть гораздо более обширной. Данные, полученные в этом пилотном тесте, послужат основой для разработки метода анализа для проекта Colonbiome. Этот более широкий проект направлен на поиск маркеров микробиоты, которые можно использовать для раннего выявления рака толстой кишки. Для этого у здоровых пациентов и пациентов с различными стадиями колоректального рака будут взяты биопсии толстой кишки и образцы кала. Затем геном микробиоты будет секвенирован для выявления различий между группами.

Данные, доступные каждому

Все данные, полученные в этом экспериментальном исследовании, были внесены в Европейский архив нуклеотидов, общедоступную и совместную базу данных, где все типы геномных последовательностей передаются на благо всего научного сообщества. Кроме того, все результаты этого первого пилотного теста были опубликованы в журнале Scientific Data, также в публичном журнале, где подробно описаны как последовательности, так и методы анализа биоинформатики.

Это исследование не только предназначено для того, чтобы быть полезным для будущей работы группы, но и для всех исследовательских групп, которые проводят аналогичные анализы или пробуют новые инструменты биоинформатики, которые имеют открытый доступ ко всем результатам. полученный в этом исследовании. Кроме того, исследователи заверяют, что они также обнародуют все детали последующих исследований, чтобы продолжать вносить вклад в сотрудничество и прогресс в этой области.

Два метода секвенирования

Похожие новости

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *