Установлен геномный надзор за устойчивостью к антибиотикам на Филиппинах

антибиотики
Золотистый стафилококк — тест на антибиотики. Кредит: CDC

Надзор за устойчивостью к антибиотикам на Филиппинах перешел в эпоху геномов, что позволило лучше отслеживать опасные бактерии. Исследователи из Центра по надзору за геномным патогеном (CGPS, расположенного в Институте Wellcome Sanger и Институте больших данных (BDI), Оксфордский университет) и Филиппинском научно-исследовательском институте тропической медицины (RITM), создали локальное секвенирование ДНК и анализ лекарственно устойчивые бактерии на Филиппинах. Этот геномный потенциал усилил текущий национальный инфекционный контроль, включая отслеживание распространения устойчивости к антибиотикам последней линии и выявление устойчивых к лекарственным средствам инфекций в детском отделении больницы, помогая контролировать вспышку.

Об этом сообщили в Nature Communications на этой неделе, это исследование демонстрирует силу локального геномного секвенирования в национальных сетях эпиднадзора в странах с низким и средним уровнем дохода и может быть распространено на другие места для решения глобальных задач. проблема устойчивости к противомикробным препаратам.

Устойчивость к противомикробным препаратам (AMR) является глобальной проблемой здравоохранения, поскольку устойчивость к распространенным антибиотикам встречается во всех регионах мира. Это означает, что может быть чрезвычайно трудно лечить некоторые бактериальные заболевания, такие как MRSA, туберкулез и гонорея, и повышает риск любой операции.

Надзор за AMR крайне важен для понимания и попытки остановить его распространение, а секвенирование ДНК может выявить механизмы устойчивости и выявить закономерности передачи. Тем не менее, геномный эпиднадзор менее распространен в странах с низким и средним уровнем дохода (СНСД), которые, по прогнозам, будут в наибольшей степени затронуты УПП.

На Филиппинах существует очень хорошо разработанная программа по надзору за устойчивостью к противомикробным препаратам при Департаменте здравоохранения Филиппин, которая использует лабораторные методы для отслеживания устойчивости к противомикробным препаратам. В 2018 году исследователи помогли создать механизм секвенирования ДНК в рамках этого проекта, чтобы создать местный потенциал для геномного надзора на Филиппинах. Это включало создание местного потенциала в области геномики и интерпретации данных посредством совместного обучения.

Пробы были секвенированы из более чем 20 участков на Филиппинах с упором на бактерии, устойчивые к антибиотикам последней линии, и перечислены Всемирной организацией здравоохранения в качестве приоритетных патогенов для разработки новых антибиотиков. Группы совместно проанализировали данные, создав филогенетические деревья, которые показали, как бактериальные штаммы связаны друг с другом, и обнаружили несколько клонов высокого риска.

Сочетание генетических данных с эпидемиологическими данными позволило исследователям точно определить штаммы в определенных местах. В одной больнице они обнаружили группу одного и того же штамма резистентного к карбапенему Klebsiella pneumoniae в отделении интенсивной терапии новорожденных и обнаружили, что это распространяется в пределах больницы. Эти данные позволили больнице укрепить свою команду по инфекционному контролю, чтобы контролировать возможные будущие вспышки.

р. Селия Карлос, совместный руководитель проекта из Научно-исследовательского института тропической медицины, Филиппины, сказала: «Здесь, на Филиппинах, мы имеем более чем 30-летний опыт разработки лабораторных методов для отслеживания AMR с нашей программой по надзору за устойчивостью к противомикробным препаратам. Сейчас мы работаем вместе с нашими партнерами в Великобритании мы создали местный потенциал и экспертные знания для секвенирования всего генома на Филиппинах, добавив геномный надзор к этим другим методам. Это помогает нам гораздо быстрее выявлять возникающие резистентные штаммы, чтобы мы могли понять, что происходит, предотвратить передачу AMR и спасти жизни. «

р. Сильвия Аргимон, первый автор статьи из Центра по надзору за геномным патогеном, сказала: «Программа не только помогла создать геномную инфраструктуру на Филиппинах, но и позволила установить тесное сотрудничество между командами в Великобритании и на Филиппинах. визиты между исследователями и обучение для передачи права собственности на секвенирование, анализ и понимание команде на Филиппинах, и гарантировали, что все поняли находчивость и проблемы дозорных сайтов. «

Геномный надзор позволяет команде описывать лекарственно-устойчивые бактерии с точки зрения их штаммов, какие гены обеспечивают устойчивость и как эти гены передаются между бактериями. Благодаря геномике на Филиппинах теперь больше внимания уделяется AMR на местном, национальном и международном уровнях, что позволяет проводить анализ данных на ранее сложном уровне. Данные передаются филиппинским учреждениям общественного здравоохранения и ВОЗ для информирования как местных, так и глобальных специалистов о распространении устойчивости к карбапенаму.

Профессор Дэвид Ааненсен, директор Центра по надзору за геномным патогеном и совместный руководитель проекта, сказал: «Понимание национальной динамики устойчивости к противомикробным препаратам важно в каждой стране мира, чтобы предотвратить распространение в глобальном масштабе, а также новые технологии и инструменты, которые необходимо усилить этот потенциал. Работа филиппинской команды по созданию геномики в национальной сети эпиднадзора является примером для усыновления, которое может быть расширено для решения глобальной проблемы устойчивости к противомикробным препаратам или другим инфекциям. «

Похожие новости

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *