Новый метод, созданный для идентификации генов за опухолями головного мозга

Новый метод определения генов, которые могут стимулировать развитие опухолей головного мозга
Как определить гены, которые могут стимулировать развитие опухолей головного мозга. Предоставлено: Л. Гаффни.

Исследователи из Упсальского университета разработали метод выявления функциональных мутаций и их влияния на гены, имеющие отношение к развитию глиобластомы — злокачественной опухоли головного мозга с очень плохим прогнозом. Исследование опубликовано в Genome Biology.

Геном человека состоит из почти 22 000 генов. Многие исследования изучали почти два процента нашей ДНК, которая производит белки. Значительно меньше известно о 98 процентах, которые не кодируют белок. Однако эти некодирующие области содержат важную информацию и регулируют активность гена в разных тканях, на разных стадиях развития и при таких заболеваниях, как рак.

Рак вызывается мутациями, которые приводят к неконтролируемому делению клеток. Одним из наиболее агрессивных видов рака является глиобластома, форма опухоли головного мозга с очень плохим прогнозом. Относительно мало известно о том, как мутации в некодирующих областях управляют глиобластомой. Чтобы устранить этот пробел в знаниях, исследователи из Упсальского университета провели секвенирование целого генома ДНК в опухолевых тканях пациентов с глиобластомой и проанализировали выявленные мутации.

«Одна из наших ключевых задач состояла в том, чтобы выявить функциональные мутации, связанные с регуляторными элементами и потенциальной релевантностью для развития раковых клеток, и отличить их от всех случайных изменений без предполагаемой значимости», — говорит профессор Карин Форсберг-Нильссон на кафедре. иммунологии, генетики и патологии, Упсальский университет.

Исследователи предположили, что последовательности ДНК, которые оставались неизменными у млекопитающих в течение эволюции, вероятно, будут выполнять важные функции. Поэтому они пересекли тысячи найденных мутаций с информацией об эволюционном сохранении генетических областей, в которых находятся мутации.

«Мы решили сосредоточиться на подмножестве мутаций в наиболее хорошо сохранившихся генетических областях, которые могут влиять на регуляцию генов», — говорит профессор Керстин-Линдблад-Тох на кафедре медицинской биохимии и микробиологии Университета Упсалы, а также Институт Бродов (США).

Исследователи подтвердили свои результаты, используя ген SEMA3C, отчасти потому, что они обнаружили большое количество мутаций в некодирующих регуляторных областях рядом с этим геном, а отчасти потому, что предыдущие результаты других предполагают, что SEMA3C связан с плохим прогнозом рака .

«Мы изучили, как мутации в некодирующих областях влияют на функцию и активность SEMA3C. Наши результаты показывают, что специфическая эволюционно консервативная мутация в окрестности SEMA3C нарушает связывание определенных белков, задача которых состоит в том, чтобы связывать гены и регулировать их деятельность «, говорит Форсберг-Нильссон.

Исследование также идентифицирует более 200 других генов, обогащенных для некодирующих мутаций в соответствующих регионах. Они, вероятно, обладают регуляторным потенциалом, что еще больше увеличивает количество генов, которые имеют отношение к развитию опухолей головного мозга.

«Наши результаты подтверждают важность связи между генетическими изменениями в некодирующих областях, их биологической функцией и патологией заболевания», — заключает Форсберг-Нильссон ./p>

Похожие новости

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *