Метод пространственного картирования выявляет потенциальные новые терапевтические мишени при волчанке

gene
Кредит: CC0 Public Domain

Команда исследователей из Детской больницы Филадельфии (CHOP) использовала новый метод определения потенциальных геномных изменений, вызывающих заболевания, для определения двух новых потенциальных терапевтических мишеней при волчанке, а также проложила путь для более точной идентификации заболеваний. вызывая изменения в других аутоиммунных расстройствах. Результаты были опубликованы в Интернете в Nature Communications.

Общесеномные ассоциации (GWAS) используют вариации по всему геному, полному набору генов человека и связанной с ним ДНК, чтобы узнать больше о наследственных заболеваниях и особенностях. Эти исследования обычно идентифицируют кластеры из сотен однонуклеотидных полиморфизмов или вариантов, которые могут вызывать конкретное заболевание, но сами исследования не могут определить, какие из них ответственны. Это связано с тем, что подавляющее большинство вариантов находятся не в самих генах, а во внутренней ДНК, и GWAS не обязательно решает, на какие гены влияют полиморфизмы, связанные с заболеванием.

Системная красная волчанка — это аутоиммунное заболевание, неизвестное излечение которого затрагивает как детей, так и взрослых, с большей распространенностью среди расовых меньшинств. Хотя некоторые исследования волчанки были сосредоточены на наивных хелперных Т-клетках и других клетках крови, это исследование было разработано, чтобы сфокусироваться на фолликулярных хелперных Т-клетках, которые играют более центральную роль в иммунных реакциях, связанных с волчанкой. Вместо того, чтобы использовать типичный подход GWAS, исследователи решили создать трехмерные карты, которые соответствуют вариантам с генами, которые они, вероятно, регулируют. Их подход использовал варианты в качестве «указателей» для идентификации потенциальных энхансеров генов в нормальной ткани.

«До этого исследования трехмерные структурные геномные карты не были сгенерированы для этого типа клеток, соответствующих волчанке», — сказал Эндрю Уэллс, доктор философии, со-директор Центра пространственного и функционального Геномика в CHOP и соавтор исследования вместе со Струаном Ф. А. Грантом, к.т.н. «Мы полагаем, что с нашим подходом мы смогли определить гены и пути, которые ранее не играли никакой роли в волчанке».

Используя этот метод, исследовательская группа определила 393 варианта в непосредственной близости от генов в 3D, и, следовательно, потенциально участвует в их регуляции. Приблизительно 90% этих вариантов считались бы отдаленными от их гена в одном измерении, но на самом деле были близки в правильной трехмерной карте, созданной командой. Исследователи смогли определить две киназы, HIPK1 и MINK1, которые ранее не играли роли при волчанке. Когда эти ферменты попадают в фолликулярные хелперные Т-клетки, они ингибируют выработку интерлейкина-21, цитокина, участвующего в регуляции продукции антител.

«Мы считаем, что HIPK1 и MINK1 могут служить ценными терапевтическими мишенями для волчанки, болезни, которая остро нуждается в новых вариантах лечения», — сказал Уэллс. «Мы также хотим взять методы, которые мы использовали в этом исследовании, и применить их к другим аутоиммунным заболеваниям и помочь выявить больше причинных изменений, которые в противном случае могли бы остаться незаметными только GWAS».

Уэллс также сказал, что их команда надеется разработать модели трансгенных мышей HIPK1 для изучения их восприимчивости к экспериментальной волчанке, а также потенциального влияния HIPK1 на противовирусный иммунитет./p>

Похожие новости

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *