568 генов, потенциально способных вызвать рак

Идентифицировано 568 генов, потенциально способных вызвать рак
Предоставлено: Институт исследований в области биомедицины — IRB.

Анализ геномов 28 000 опухолей 66 типов рака позволил идентифицировать 568 генов-драйверов рака.

Исследование, проведенное лабораторией биомедицинской геномики в IRB Barcelona, ​​позволило существенно обновить платформу интегративной онкогеномики (IntOGen), направленную на выявление генов-драйверов мутаций рака.

Результаты, опубликованные в Nature Reviews Cancer, представляют собой наиболее полный на сегодняшний день сборник генов, вызывающих рак.

Рак — это группа заболеваний, для которых характерен неконтролируемый рост клеток, вызванный мутациями и другими изменениями в геноме клеток. Опухоль может иметь от сотен до тысяч мутаций, но лишь некоторые из них жизненно важны для ее онкогенной способности. Эти ключевые мутации влияют на функцию генов-драйверов рака. Поиск генов, которые несут в себе мутации, вызывающие этот рак, является одной из основных целей исследований рака.

Исследователи из лаборатории биомедицинской геномики IRB в Барселоне под руководством исследователя ICREA Нурии Лопес-Бигас провели обширный вычислительный анализ около 28 000 опухолей 66 типов рака и идентифицировали 568 генов, вызывающих рак. Эти основные гены играют особую роль в регуляции роста клеток, клеточного цикла и репликации ДНК, среди прочего. Мутации в этих генах наделяют злокачественные клетки способностью быстро и бесконечно воспроизводиться, уклоняться от иммунной системы и других защитных систем, распространяться и вторгаться в другие ткани и, среди прочего, изменять окружающую среду в свою пользу.

«Сборник генов-драйверов предоставляет исследователям рака, как в клинических, так и в фундаментальных исследованиях, важные знания и оказывает важное влияние на принятие клинических решений», — говорит Лопес-Бигас. «Например, если мы знаем, что канцерогенная способность опухоли зависит от конкретного белка, одобренная таргетная терапия — т. Е. Антитела или другие ингибиторы, препятствующие ее функции — могут быть использованы онкологами для лечения пациента», — добавляет она./р>
Выявлено 568 генов, потенциально способных вызвать рак
Предоставлено: Институт исследований в области биомедицины — IRB.

Большинство генов, вызывающих рак, очень специфичны

Выявив 568 генов, вызывающих рак, исследователи обнаружили, что большинство из них являются высокоспецифичными, а их мутации способны вызывать только несколько типов опухолей. Однако есть небольшая группа, составляющая менее 2% от числа идентифицированных, которая очень разносторонняя и способна вызывать более 20 различных типов рака. «Хотя известно, что гены, вызывающие рак, имеют разную степень специфичности с момента их первой идентификации, наличие этого снимка компендиума позволило нам объективно ответить на этот вопрос», — говорит Абель Гонсалес Перес, научный сотрудник отдела биомедицины. Genomics Lab, который также руководил исследованием.

Предыдущие исследования других групп показали, что рак вызывается в среднем четырьмя ключевыми мутациями в генах-драйверах рака. Некоторые типы рака, характеризующиеся низким числом мутаций, представляют только одну мутацию в этих генах, в то время как другие, которые обычно представляют множество мутаций, такие как колоректальные опухоли и опухоли матки, содержат до 10. Другие геномные изменения, такие как структурные варианты, изменения в количестве копий генов и мутации, затрагивающие некодирующие области генома, также способствуют онкогенезу.

Положительный выбор как индикатор

Неожиданные мутационные паттерны в гене, отличные от ожидаемых при нейтральности, представляют собой сигналы о том, что они находятся под положительным отбором при онкогенезе. Исследователи IRB Barcelona используют эти сигналы положительного отбора для идентификации генов-драйверов мутаций. Чтобы вычислить эти сигналы, необходимо точно смоделировать накопление мутаций при нейтральности для всех генов, чтобы можно было легко обнаружить отклонения любого гена от ожидаемого образца.

Сигналами положительного отбора, которые используются для идентификации генов-драйверов мутаций, являются, например, аномально большое количество мутаций в гене или неожиданное распределение мутаций по последовательности гена. В этой последней статье, опубликованной в журнале Nature Reviews Cancer, исследователи представляют обновленную версию платформы IntOGen с открытым доступом, включая значения, вычисленные для этих сигналов по всем генам мутационных драйверов. «Платформа IntOGen обеспечивает идеальную инфраструктуру для систематического обновления сборника, поскольку все больше данных о секвенировании опухолей становится общедоступным», — говорит первый автор Франсиско Мартинес-Хименес, постдокторский исследователь в лаборатории биомедицинской геномики.

Похожие новости

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *