С помощью новых вычислительных методов выявлены генетические причины тяжелых нарушений головного мозга у детей

генная терапия
Кредит: CC0 Public Domain

Группа исследователей Детской больницы Филадельфии (CHOP), входящая в группу CHOP Epilepsy Neurogenetics Initiative (ENGIN), объединила клиническую информацию с крупномасштабными геномными данными, чтобы успешно связать характерные проявления детской эпилепсии с конкретными генетическими вариантами. Результаты были опубликованы сегодня в Американском журнале генетики человека.

Возрастные и эпилептические энцефалопатии (DEE), группа тяжелых заболеваний головного мозга, которые могут вызывать трудноизлечимые приступы, когнитивные и неврологические нарушения, а в некоторых случаях и раннюю смерть, как известно, имеют более 100 основных генетических причины. Однако сопоставление характерных клинических признаков и результатов с конкретными генетическими мутациями может быть особенно сложным, учитывая большое количество генетических причин, каждая из которых очень редка.

При сборе генетической информации обычно документируется фенотип человека или его клинические особенности. Однако, хотя генетическая информация собирается стандартизованным образом, это неверно при описании клинических симптомов, что затрудняет определение того, являются ли определенные генетические мутации ответственными за определенные клинические признаки.

Основываясь на своей предыдущей работе, исследователи из CHOP использовали Онтологию фенотипа человека (HPO), которая обеспечивает стандартизованный формат для характеристики фенотипических особенностей пациента и позволяет использовать клинические данные на том же уровне, что и генетические.

«Для этого исследования мы использовали фенотипическую и генетическую информацию, которая была собрана в нескольких важных когортах более десяти лет», — сказал Инго Хельбиг, доктор медицины, лечащий врач ENGIN, директор отдела геномики и науки о данных ENGIN. и ведущий исследователь исследования. «Только в этом исследовании мы обнаружили связь 11 генетических причин с конкретными фенотипами. Без методов систематического анализа клинических данных мы не смогли бы сделать это раньше, даже с этой надежной группой пациентов».

В общей сложности исследовательская группа проанализировала 31 742 термина HPO у 846 пациентов с существующими данными секвенирования всего экзома. Некоторыми примерами генов, вызывающих DEE, идентифицированных в этом исследовании, были SCN1A, который был связан со сложными фебрильными припадками и фокальными клоническими припадками; STXBP1, связанный с отсутствием речи; и SLC6A1, который был связан с ЭЭГ с общей медленной активностью. Всего 41 ген с вариантами представлен как минимум у двух индивидуумов, и 11 из этих генов показали значительное сходство между фенотипами пациентов с изменениями этих генов. Используя статистический анализ, исследователи показали, что это было больше, чем случайно.

«Традиционно многие из генетических эпилепсий, для лечения которых мы сейчас разрабатываем, были описаны из-за особого набора клинических особенностей, которые выделялись. Однако этот тип традиционного описания новых заболеваний требует, чтобы пациенты были осмотрены одним и тем же врачом. или в том же центре. То, что мы сделали с этим исследованием, было реконструировано когнитивным процессом, который происходит, когда клиницисты обнаруживают новый синдром «, — сказал Хельбиг. «Мы разработали вычислительный механизм для воспроизведения этого типа открытия на основе больших, обезличенных клинических данных. По мере того, как объем доступных нам глубоких фенотипических данных увеличивается, у нас теперь есть возможность идентифицировать новые генетические причины особенно тяжелых форм эпилепсии. это цели для новых методов лечения. «/p>

Похожие новости

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *